یکی از علتهای بروز خطا در نگرش به مسائل علمی آن است که محقق، پدیدههای علمی را پراکنده، مستقل و مجزای از هم تحلیل میکند؛ به عنوان مثال فقه را به صورت جدای از اصول و اصول را به صورت مستقل از ادبیات و فلسفه را به صورت گسیخته از منطق مورد بررسی قرار داده و آثاری که برای هریک از علوم مترتب است را به دیگری نسبت میدهد، به طوری که گاهی خصلتهایی که ـ مثلاً ـ به فقه نسبت میدهد، با خصلتهایی که در اصول وجود دارد هم پوشانی دارند؛ در حالی که همان خصلتها در علم مورد نظر وجود ندارند. بحث از «تمایز علوم» مانع از بروز چنین اشتباهی است. این پژوهش بعد از ارائه دیدگاهای مختلف، مبنای میرزای نائینی در تمایز علوم را تبیین کرده و در نهایت تأثیر ایشان بر سایر اصولیون معاصر را مورد توجه قرار خواهد داد. همچنین وجه تمسک به قواعد فلسفی مانند «قاعده الواحد» در تبیین مسائل اصولی را نمایان میسازد.